pandas高效读取大文件的探索之路

甜美的微笑

使用 pandas 进行数据分析时，第一步就是读取文件。
在平时学习和练习的过程中，用到的数据量不会太大，所以读取文件的步骤往往会被我们忽视。
然而，在实际场景中，面对十万，百万级别的数据量是家常便饭，即使千万，上亿级别的数据，单机处理也问题不大。
不过，当数据量和数据属性多了之后，读取文件的性能瓶颈就开始浮现出来。
当我们第一次拿到数据时，经常会反反复复的读取文件，尝试各种分析数据的方法。
如果每次读取文件都要等一段时间，不仅会影响工作效率，还影响心情。
下面记录了我自己优化pandas读取大文件效率的探索过程。
1. 准备部分

首先，准备数据。
下面的测试用的数据是一些虚拟币的交易数据，除了常用的K线数据之外，还包含很多分析因子的值。

1. import pandas as pd
3. fp = "all_coin_factor_data_12H.csv"
4. df = pd.read_csv(fp, encoding="gbk")
5. df.shape
7. # 运行结果
8. (398070, 224)

复制代码

总数据量接近40万，每条数据有224个属性。
然后，封装一个简单的装饰器来计时函数运行时间。

1. from time import time
3. def timeit(func):
4.     def func_wrapper(*args, **kwargs):
5.         start = time()
6.         ret = func(*args, **kwargs)
7.         end = time()
8.         spend = end - start
9.         print("{} cost time: {:.3f} s".format(func.__name__, spend))
10.         return ret
12.     return func_wrapper

复制代码

2. 正常读取

先看看读取这样规模的数据，需要多少时间。
下面的示例中，循环读取10次上面准备的数据all_coin_factor_data_12H.csv。

1. import pandas as pd
3. @timeit
4. def read(fp):
5.     df = pd.read_csv(
6.         fp,
7.         encoding="gbk",
8.         parse_dates=["time"],
9.     )
10.     return df
12. if __name__ == "__main__":
13.     fp = "./all_coin_factor_data_12H.csv"
14.     for i in range(10):
15.         read(fp)

复制代码

运行结果如下：

读取一次大概27秒左右。
3. 压缩读取

读取的文件all_coin_factor_data_12H.csv大概1.5GB左右，
pandas是可以直接读取压缩文件的，尝试压缩之后读取性能是否能够提高。
压缩之后，大约 615MB 左右，压缩前大小的一半不到点。

1. import pandas as pd
3. @timeit
4. def read_zip(fp):
5.     df = pd.read_csv(
6.         fp,
7.         encoding="gbk",
8.         parse_dates=["time"],
9.         compression="zip",
10.     )
11.     return df
13. if __name__ == "__main__":
14.     fp = "./all_coin_factor_data_12H.zip"
15.     for i in range(10):
16.         read_zip(fp)

复制代码

运行结果如下：

读取一次大概34秒左右，还不如直接读取来得快。
4. 分批读取

接下来试试分批读取能不能提高速度，分批读取的方式是针对数据量特别大的情况，
单机处理过亿数据量的时候，经常会用到这个方法，防止内存溢出。
先试试每次读取1万条：

1. import pandas as pd
3. @timeit
4. def read_chunk(fp, chunksize=1000):
5.     df = pd.DataFrame()
6.     reader = pd.read_csv(
7.         fp,
8.         encoding="gbk",
9.         parse_dates=["time"],
10.         chunksize=chunksize,
11.     )
12.     for chunk in reader:
13.         df = pd.concat([df, chunk])
15.     df = df.reset_index()
16.     return df
18. if __name__ == "__main__":
19.     fp = "./all_coin_factor_data_12H.csv"
20.     for i in range(10):
21.         read_chunk(fp, 10000)

复制代码

运行结果如下：

和读取压缩文件的性能差不多。
如果调整成每次读取10万条，性能会有一些微提高。

分批读取时，一次读取的越多（只要内存够用），速度越快。
其实我也试了一次读取1千条的性能，非常慢，这里就不截图了。
5. 使用polars读取

前面尝试的方法，效果都不太好，下面引入一个和pandas兼容的库Polars。
Polars是一个高性能的DataFrame库，它主要用于操作结构化数据。
它是用Rust写的，主打就是高性能。
使用Polars读取文件之后返回的Dataframe虽然和pandas的DataFrame不完全一样，
当可以通过一个简单的to_pandas方法来完成转换。
下面看看使用Polars读取文件的性能：

1. import polars as pl
3. @timeit
4. def read_pl(fp):
5.     df = pl.read_csv(
6.         fp,
7.         encoding="gbk",
8.         try_parse_dates=True,
9.     )
10.     return df.to_pandas()
12. if __name__ == "__main__":
13.     fp = "./all_coin_factor_data_12H.csv"
14.     for i in range(10):
15.         read_pl(fp)

复制代码

运行结果如下：

使用Polars后性能提高非常明显，看来，混合使用Polars和pandas是一个不错的方案。
6. 序列化后读取

最后这个方法，其实不是直接读取原始数据，而是将原始数据转换为python自己的序列化格式（pickle）之后，再去读取。
这个方法多了一个转换的步骤：

1. fp = "./all_coin_factor_data_12H.csv"
2. df = read(fp)
3. df.to_pickle("./all_coin_factor_data_12H.pkl")

复制代码

生成一个 序列化文件：all_coin_factor_data_12H.pkl。
然后，测试下读取这个序列化文件的性能。

1. @timeit
2. def read_pkl(fp):
3.     df = pd.read_pickle(fp)
4.     return df
6. if __name__ == "__main__":
7.     fp = "./all_coin_factor_data_12H.pkl"
8.     for i in range(10):
9.         read_pkl(fp)

复制代码

运行结果如下：

这个性能出乎意料之外的好，而且csv文件序列化成pkl文件之后，占用磁盘的大小也只有原来的一半。
csv文件1.5GB左右，pkl文件只有690MB。
这个方案虽然性能惊人，但也有一些局限，
首先是原始文件不能是那种实时变化的数据，因为原始csv文件转换为pkl文件也是要花时间的（上面的测试没有算这个时间）。
其次，序列化之后的pkl文件是python专用的，不像csv文件那样通用，不利于其他非python的系统使用。
7. 总结

本文探讨了一些pandas读取大文件的优化方案，最后比较好的就是Polars方案和pickle序列化方案。
如果我们的项目是分析固定的数据，比如历史的交易数据，历史天气数据，历史销售数据等等，
那么，就可以考虑pickle序列化方案，先花时间讲原始数据序列化，
后续的分析中不担心读取文件浪费时间，可以更高效的尝试各种分析思路。
除此之外的情况，建议使用Polars方案。
最后补充一点，如果读取文件的性能对你影响不大，那就用原来的方式，千万不要画蛇添足的去优化，
把精力花在数据分析的业务上。

来源:https://www.cnblogs.com/wang_yb/p/17993809
免责声明：由于采集信息均来自互联网，如果侵犯了您的权益，请联系我们【E-Mail:cb@itdo.tech】 我们会及时删除侵权内容，谢谢合作！